siRNA
siRNAのポジティブ、ネガティブコントロールについて
RNAi実験が成功しているかどうかを確認するために、ポジティブ及びネガティブコントロールsiRNAを用いた実験を、毎回並行して行うことが重要です。
「どのようなコントロールを使えばよいのか。配列を教えて欲しい。」
といったご依頼が寄せられますので、簡単に解説したいと思います。
① 内在性の遺伝子に対して、すでに効果の知られている論文で公表された配列を使います
他の研究者によってその活性が確認されている配列のオリゴを合成します。
それ以降のものは、「siRNA」＋「遺伝子名」をキーワードにして、論文検索をされますと、目的の遺伝子に対するsiRNA配列が見つかることがあります。
そのままポジティブコントロールとしても使えますし、研究ターゲットと関係ないと思われる遺伝子に対するsiRNAは、逆にネガティブコントロールとしても使用できます。
② 導入した遺伝子に対して、すでに効果の知られている論文で公表された配列を使います
luciferaseや、GFPに対するsiRNAがよくつかわれています。
④ 上と同時に「mockオリゴを使用しないでアニーリングバッファーのみを入れる」の実験を行う場合もあります
①や②の実験は、RNAi実験が有効かどうかわからない新規の培養細胞や臓器に対して、ポジティブコントロールとして用いることが可能です。
コントロールのオリゴは、少量、安価で欲しいというお問い合わせをいただくことがありますが、上記のようにターゲット siRNAと同等に合成されたコントロールオリゴが同時に行う実験で、ターゲットsiRNAと等量必要になると考えられますので、基本的には通常のご注文と、同時に同等の合成、精製、取り扱いをさせていただきます。