グアニン塩基の近接による蛍光の減光について：オリゴ核酸の受託合成のテクニカルサポート - DNA・RNA受託合成｜【JBios】日本バイオサービス

蛍光色素の蛍光強度は、さまざまな実験条件によって、大きく変化します。 
中でもグアニン塩基と蛍光色素との距離は、減光の大きな要因のひとつとなっています。 
このことが原因で、オリゴの蛍光標識の蛍光強度が予想よりも弱いとお問い合わせいただくことがあります。 
標識した蛍光色素とグアニン塩基の距離が近いほど、蛍光の減光（quenching）の効果が大きくなります。 
つまり、蛍光強度を最大限にするためには、標識したオリゴ鎖やオリゴ鎖とアニーリングするターゲット相補鎖の中のグアニン塩基が、蛍光色素と十分離れていることが重要です。